ARAMEMNON
Eine Datenbank für pflanzliche Membranproteine
Projektbeschreibung
Der Stofftransport über Zellmembranen oder intrazelluläre Membranen
(z.B. Plastiden, Mitochondrien und Vakuolen) hat eine zentrale Kontroll-
und Regulationsfunktion für die Entwicklung der Pflanze. Membranproteine
sind experimentell schwer zugänglich, allerdings lassen sich ausgehend
von der Proteinsequenz wichtige Eigenschaften wie z.B. Anzahl und Lage
der membrandurchspannenden Bereiche oder die Zuordnung zu bestimmten
Membranen mit Hilfe von Computerprogrammen vorhersagen. Häufig liefern
jedoch verschiedene Programme je nach gewähltem Ansatz unterschiedliche
Vorhersagen. Dabei lässt sich nicht ohne Weiteres entscheiden, welche
der verfügbaren Vorhersagen am ehesten zutrifft. Um dennoch eine
bestmögliche Vorstellung von den Eigenschaften zu erhalten, lassen sich
mehrere verschiedene Vorhersagen für ein Protein sammeln und
anschließend miteinander und mit den Vorhersagen verwandter Proteine
vergleichen. Aber diese Methode ist in der Regel zu aufwändig für
jemanden, der sich schnell ein Bild von einem Membranprotein machen
möchte. Um diese Vergleiche für viele Membranproteine ohne großen
Aufwand zu ermöglichen, wurde die Datenbank ARAMEMNON entwickelt.
Die Datenbank ARAMEMNON beschreibt Eigenschaften von Membranproteinen
der Modellpflanze Ackerschmalwand (Arabidopsis thaliana) und Reis (Oryza
sativa). Im Rahmen des laufenden Projektes wird die Datenbank ausgebaut
und Membranproteine von Wein (Vitis vinifera) und weiteren Nutzpflanzen
hinzugefügt. Zu den abrufbaren Informationen zählen eine kurze
Beschreibung des Proteins, DNA-, cDNA- und Proteinsequenzen sowie
jeweils mehr als ein Dutzend verschiedene Vorhersagen zur Lage der
Membranspannen und zur möglichen subzellulären Lokalisation. Ergänzt
werden die Angaben durch Literaturhinweise, die monatlich aktualisiert
werden. Die Datensätze sind so miteinander verknüpft, dass sich Daten
verwandter Membranproteine sowohl der gleichen Pflanzenart als auch
anderer Pflanzen vergleichend anzeigen lassen. Zur Zeit enthält
ARAMEMNON Daten von mehr als 21.000 Membranproteinen, über 630.000
Einzelvorhersagen zu topologischen Eigenschaften und mehr als 4000
Literaturhinweise. Es ist damit die umfangreichste Datenbank für
pflanzliche Membranproteine, die öffentlich verfügbar ist.
Webseite des Projektes: http://aramemnon.botanik.uni-koeln.de
Partner
Prof. Dr. Ulf-Ingo Flügge
Universität zu Köln
Botanisches Institut
Gyrhofstr. 15
50931 Köln
Tel.: +49 221 470-2484
E-mail: ui.fluegge@uni-koeln.de
Dr. Rainer Schwacke
Universität zu Köln
Botanisches Institut
Gyrhofstr. 15
50931 Köln
Tel.: +49 221 470-2340
E-mail: rainer.schwacke@uni-koeln.de
ARAMEMNON
GABI-FUTURE - RESSOURCEN01.08.2007 - 31.07.2010
Fördersumme
| Öffentlich: | 241.361,00 € |
| Privat: | 0,00 € |
| Gesamt: | 241.361,00 € |
Dt. Wiss. Partner: 1
Dt. Priv. Partner: 0
Int. Wissensch. Partner: 0
Int. Priv. Partner: 0
Gesamt :1
