GABI-PD

Projektbeschreibung

Die GABI-Primärdatenbank GabiPD (www.gabipd.org) wurde in den vorangegangenen GABI-Förderperioden erfolgreich etabliert und ist ein vielgenutztes Portal zum Zugriff auf GABI-Daten aus Modell-und Nutzpflanzen. Durch Passwort-geschützten Zugang können nicht-öffentliche GABI-Daten von der GABI/WPG-Community exklusiv genutzt werden. Das Spektrum der GabiPD-Daten umfasst genomische, transkriptomische, proteomische und metabolomische Daten, die integriert, analysiert, visualisiert und untereinander verknüpft werden. Bisher sind 14 verschiedene Pflanzenspezies in GabiPD vertreten. Für Kartoffel, z.B. wurde PoMaMo (http://www.gabipd.org/projects/Pomamo/) etabliert, eine spezielle Datenbankapplikation in GabiPD, die Zugriff auf genomische Daten ermöglicht.
In GabiPD werden neben den Daten auch nützliche Tools bereitgestellt, wie die BioTools und der MapMan-Tool. Die GabiPD-Daten und -Tools sind über unser Web-Interface (www.gabipd.org) und über Webservice (BioMoby) zugänglich.
Seit Beginn der GABI-FUTURE-Phase hat sich GabiPD am MPIMP etabliert. Neue Typen von GABI-Daten wurden integriert. Darüber hinaus hat das GabiPD-Team begonnen, neue integrative Einblicke in die Daten bereitzustellen. Für sequenzierte Spezies, wie die Modellpflanze Arabidopsis gelangt man von allen Datentypen (z.B. von EST-Sequenzen, Proteinspots) zur neuen zentralen Gen-GreenCard. Hier ist jedes Gen mit Genomannotations-Datenbanken und anderen interessanten GABI- (z.B. GABI-KAT) sowie externen Ressourcen verknüpft. Für Spezies ohne verfügbare Genomannotation, wie z.B. Gerste, wurden vergleichende genetische Karten in GabiPD integriert. Mit den Markern sind relevante EST-Informationen verknüpft. Mit den ESTs werden Zuordnungen zu Sequenzclustern und UniGen-Sets bereitgestellt (bisher für Gerste).

Im GabiPD-Projekt werden:

(i) Spezies-spezifische Überblicke über die jeweiligen GabiPD-Daten entwickelt, die dem Nutzer den Zugang zu den Daten erleichtern
(ii) die Datenbankstruktur, die Nutzeroberflächen und die Möglichkeiten zum Download für neue Typen der GABI-FUTURE-Daten erweitert
(iii) kontinuierlich neue GABI-FUTURE-Daten integriert
(iv) das 2-DE-Interface weiterentwickelt
(v) neue Typen von Datenanalysen, z.B. Domänenanalysen in Proteinsequenzen durchgeführt
(vi) neue Informationen zu Arabidopsis Phosphorylierungsstellen bereitgestellt.

Webseite des Projektes: www.gabipd.org

Partner

Dr. Birgit Kersten
Max-Planck-Institut für Molekulare Pflanzenphysiologie (MPIMP)
Bioinformatik-Gruppe
GabiPD-Team
14424 Potsdam