RCA GENOMICS

Projektbeschreibung

Das Projekt entwickelt die Technik der "Rolling Circle Amplification" (RCA) für einen weltweiten Markt mit kostengünstige Alternativen zur PCR, Immunologie und zum Klonieren, um Viren mit kleiner zirkulärer DNA zu identifizieren und zu charakterisieren. Proben aus aller Welt, die sowohl aus dem Labor als auch aus dem Feld stammen können, werden auf sicheren Nachweis von Geminiviren und Nanoviren geprüft. Die Produkte der RCA werden mittels Restriktionsenzymen, um RFLPs zu entdecken, und direkter Sequenzierung bestimmt. Die RCA Technik liefert zudem eine gute Möglichkeit, das Reaktionsvolumen zu miniaturisieren, so dass ein "Lab-on-a-Chip"-Ansatz vielversprechend ist. Die erzielten Ergebnisse zur Genomik der Geminiviren und Nanoviren soll die Identifikation und Differenzierung der Genfunktionen der Viren mittels bioinformatischer Werkzeuge erlauben, insbesondere im Hinblick auf Gene, die für die Ausbreitung der Viren durch Pflanzen und Insekten, für die Auslösung von Wirtsreaktionen sowie die Anpassung an spezielle Wirte verantwortlich sind. Gesucht werden Elicitor-Domänen von viral Proteinen, methylierte Regionen auf der DNA, Silencing Suppressor Fähigkeiten sowie Dominant-negative Mutationen und defekte virale DNAs als mögliche Resistenzauslöser. Geminivirus-basierte Silencing-Vektoren sind konstruiert worden und werden zur genetischen Identifizierung von merkmalsauslösenden Zielgenen ohne den Aufwand von transgenen Pflanzen verwendet, was eine Herausforderung für wichtige Kulturplanzen ist. Die Verwendung dieser Vektoren in einer RCA Strategie erlaubt die zellfreie Konstruktion und die Prüfung der Zielgene, ohne einen Zwischenschritt der bakteriellen Klonierung. Die beschriebene Herangehensweise wird wertvolle neue Werkzeuge entwickeln und die Analyse beträchtlich beschleunigen, die für die Genomik der Pflanzen allgemein bedeutsam werden könnte. 

Projekthomepage

http://www.uni-stuttgart.de/bio/bioinst/molbio/

Partner

Prof. Dr. Holger Jeske
Universität Stuttgart
Biologisches Institut
Lehrstuhl für Molekularbiologie und Virologie der Pflanzen
Pfaffenwaldring 57
70550 Stuttgart
Tel.: 0711-685-65070
Fax : 0711-685-65096
holger.jeske@bio.uni-stuttgart.de

Dr. Bruno Gronenborn
Institut des Sciences du Végétal
Centre National de la Recherche Scientifique
Avenue de la Terrasse
91198 Gif sur Yvette Cedex
France
phone: 33 1 69 82 38 33, 33 1 69 82 36 96
Fax: 33 1 69 82 36 95
Bruno.Gronenborn@isv.cnrs-gif.fr

Prof. Dr. Eduardo R. Bejarano
Universidad de Málaga
Facultad de Ciencias
Department of Cellular Biology, Genetics and Physiology
Lecturer at the University of Málaga
Campus de Teatinos.
29071 Málaga
Spain
phone: 00-34-952-131676
Edu_rodri@uma.es

Dr. Ana Grande Pérez
University of Málaga
Facultad de Ciencias
Campus deTeatinos
29071 Málaga
Spain
Tel: +34-952131965
Fax: +34-952132000 
agrande@uma.es

Dr. S. Ullmann & Dr. C. Korfhage
Nucleic Acid Preparartion Research
QIAGEN GmbH
Qiagen Str. 1
40724 Hilden
Germany
Tel: + 49 2103 29 16 324
Fax: + 49 2103 29 26 324
susanne.ullmann@qiagen.com